دانشکده علوم پزشکی خمین در سال ۱۳۷۱ با عنوان دانشکده پرستاری، از مجموعه تشکیلات آموزشی دانشگاه علوم پزشکی اراک، در ساختمان بهداری سابق واقع در خیابان تختی، شروع به کار نمود. در آغاز، پذیرش دانشجو در این دانشکده، فقط در مقطع کارشناسی پیوسته پرستاری و در دوره روزانه بود. بعد از گذشت ۲۰سال و در سال ۱۳۹۱، مجوز پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی رشته‌های اتاق عمل و هوشبری را نیز دریافت نمود. این دانشکده همچنین در سال ۱۳۹۲ با کسب مجوز، اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کاردانی فوریت‌های پزشکی بصورت نیمه متمرکز و کارشناسی علوم آزمایشگاهی نمود و از آن سال به بعد هرسال در مجموع پنج رشته حدود ۹۰ نفر دانشجو پذیرش داشته است. با عنایت به پذیرش دانشجو در پنج رشته، در تاریخ 1392/3/22 و براساس رأی صادره در شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی، با تأسیس دانشکده علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی خمین موافقت شد و رسماً دانشکده پرستاری به دانشکده علوم پزشکی ارتقاء یافت.